La vidéo c'est malheureusement encore un point qui pose problème dans le monde des formats de fichier.
Pour mes encodages personnels, j'ai souvent recours à l'AVI avec Xvid pour l'image et du mp3 pour le son.
Il m'arrive de faire de l'OGM avec du Xvid pour l'image et du Vorbis pour le son.
Ces formats peuvent être lus un peu partout. Malheureusement l'AVI n'est pas streamable, et c'est un vieux format de fichier un peu bancal. L'OGM est mieux mais demande d'installer des trucs compliqués sur la machine cible.
Je mise pas mal sur le Ogg Theora. On aurait alors un format pas trop mauvais, streamable, et intéropérable. Mmmh ^^ Seulement ce format est encore à l'état d'embryon, ça se sent en matière d'outils d'encodage et au niveau lecture native des logiciels de lecture vidéo.
Pour avoir de la vidéo sur une page Web avec du streaming, mon choix actuel se porte sur le Quicktime. Même si le plugin est chiant à installer, même s'il est difficile à scripter, même s'il est lourd, et même si c'est ce format affreux qu'est le MOV

Y'a le WMV mais qui est aussi redoutable.
J'avais déjà réfléchi à la réalisation d'un site fortement basé sur de la vidéo. J'étais arrivé au choix suivant : pas de vidéo en streaming, mais des vidéos en AVI/Xvid/mp3 à télécharger, avec quelques captures d'écran sur la page pour l'illustration.