Sélectionnez le dossier "Courrier entrant", puis menu Affichage > Messages > Tous.
Compactez les dossiers :
1/ Mettez Thunderbird hors ligne par menu Fichier > Hors ligne > Travailler hors ligne, ou en cliquant sur l'icône dans la barre d'état (en bas de la fenêtre).
2/ Sélectionnez (un dossier d') un compte.
3/ Menu Fichier > Compacter les dossiers.
4 Répétez cela pour tous vos comptes.
5/ Remettez Thunderbird en ligne par menu Fichier > Hors ligne > Travailler hors ligne, ou en cliquant sur l'icône dans la barre d'état (en bas de la fenêtre).
Note : Pour automatisez le compactage : dans les Options > panneau Avancé > onglet Hors ligne et espace disque > case "Compacter les dossiers quand cela économise au moins __ ko", mettez 500, 1000 ou 10000.
On peut aussi utiliser l'extension Xpunge, voir
https://addons.mozilla.org/thunderbird/1279/ (la page de présentation est en anglais mais l'extension localisée en français).
Si ça ne va pas mieux :
Fermez Thunderbird.
Dans le dossier "Mail" de votre profil (pour trouver le profil voir ici), il y a le dossier "Local Folders" et éventuellement les dossiers "pop.SERVEUR" des comptes séparés (qui n'utilisent pas la boîte globale).
Dans ces dossiers, supprimez les fichiers dont le nom se termine par ".msf" (uniquement les fichiers ayant l'extension ".msf"), puis relancez Thunderbird.
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