Tente de supprimer ce dossier directement dans le profil de Thunderbird.
En cliquant droit sur le nom du dossier > propriétés > emplacement, tu connaîtras son emplacement dans le profil.
S'il s'agit d'un dossier virtuel, tu n’auras pas l'option "propriétés", mais l'affichage du filtre à la base de sa création. S'il est sous les dossiers locaux (ce qui ne semble pas évident dans ta copie d'écran), tu devrais le retrouver comme dossier simple sous [ton profil] > mail > local folders.
J'ai fait un test, "smart mailboxes" n’est pas recréé au démarrage, en mode "tous les dossiers", après avoir supprimé "smart mailboxes".
"Smart mailboxes" est le nom des dossiers unifiés "standards" sous Windows, placé dans le profil sous "mail > local folders".
Tu parles de smart_folders. Je ne sais pas si c'est l 'équivalent de "smart mailboxes" sous Unix, ou un autre dossier personnel, ou le nom réel de ton "dossiers unifiés", traduit en français à l'affichage. Les propriétés du dossier devraient aider à y voir clair.