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Je me réponds à moi-même car j'ai trouvé la solution sur un forum en anglais, au cas où d'autres seraient touchés par ce problème.
Il faut aller dans Options>Avancées>Editeur de configuration et taper "sign" puis repérer les entrées de type : "mail.identity.id#.sign_mail où # est un nombre et ...
Depuis peu, chaque fois que j'écris un e-mail, est automatiquement activée l'option "signer numériquement ce message", quelque soit le compte que j'utilise. J'ai la possibilité de décocher l'option dans les menus en haut, mais il faut le faire systématiquement à chaque nouvel envoi.